Stosowanie ryczałtu jest niedopuszczalne m.in. w przypadku podatników postawionych w stan upadłości lub likwidacji. Zgodnie ze stanowiskiem MF wyłączenia te działają nie tylko na etapie wyboru estońskiego CIT, ale również w trakcie jego stosowania.
Z preferencyjnego opodatkowania w formule estońskiego CIT (ryczałtu od dochodów spółek) mogą korzystać podatnicy, którzy spełniają wymogi określone w art. 28j ustawy o CIT. Oprócz warunków pozytywnych ustawodawca wskazał również katalog podmiotów wyłączonych ze stosowania tego modelu. Katalog ten został ujęty w art. 28k ustawy o CIT i obejmuje zarówno podmioty prowadzące działalność o szczególnym profilu (np. przedsiębiorstwa finansowe czy instytucje pożyczkowe), jak i podatników, u których w określonych okolicznościach ustawodawca uznał stosowanie ryczałtu za niedopuszczalne. Są to m.in. podmioty osiągające przychody zwolnione na podstawie regulacji dotyczących specjalnych stref ekonomicznych lub decyzji o wsparciu, a także podatnicy postawieni w stan upadłości lub likwidacji. Ustawa obejmuje również wyłączeniem podatników utworzonych w wyniku określonych przekształceń oraz tych, którzy uczestniczyli w czynnościach restrukturyzacyjnych. W tych dwóch ostatnich sytuacjach wyłączenie ma charakter czasowy i obejmuje rok powstania lub rok, w którym wystąpiła czynność restrukturyzacyjna, a także rok kolejny, przy czym okres ten nie może być krótszy niż 24 miesiące od powstania lub dokonania danej czynności.
W praktyce stosowania przepisów powstała rozbieżność dotycząca tego, czy wyłączenia z art. 28k ustawy o CIT odnoszą się tylko do podatników zamierzających wejść w system estońskiego CIT, czy także do tych, którzy już są opodatkowani w tym modelu.
Stanowisko dyrektora KIS
W interpretacjach indywidualnych dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej uznał, że przepis ten dotyczy jedynie etapu wyboru ryczałtu. Podkreślał w nich, że katalog przesłanek utraty prawa do stosowania tej formy opodatkowania został uregulowany w art. 28l ustawy o CIT, a ponieważ katalog ten ma charakter zamknięty i nie odsyła do art. 28k, przesłanki wymienione w art. 28k nie mogą powodować utraty prawa do ryczałtu w trakcie jego stosowania. W interpretacji z 21 października 2024 r. (0114‑KDIP2‑2.4010.449.2024.1.PK) organ wskazał jednoznacznie: „art. 28l ust. 1 ustawy o CIT stanowi katalog zamknięty zdarzeń skutkujących utratą prawa do opodatkowania ryczałtem. Procedura likwidacji bądź rozwiązanie spółki, nie jest wymieniona jako przesłanka utraty prawa do ryczałtu. W konsekwencji podjęcie uchwały wspólników o likwidacji spółki nie powoduje utraty prawa do opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek”.
Tezę tę podtrzymano również w interpretacji wydanej 5 grudnia 2025 r. (0111‑KDIB2‑1.4010.404.2025.2.AS). Dyrektor KIS wskazał w niej, że sama procedura likwidacji lub rozwiązanie spółki nie zostały wymienione w przepisach jako przesłanki utraty prawa do ryczałtu, tym samym podjęcie uchwały wspólników o likwidacji nie skutkuje automatycznym wyłączeniem z estońskiego CIT. Organ uzasadnił to literalnym brzmieniem art. 28l ustawy o CIT, który nie przewiduje utraty prawa do opodatkowania ryczałtem w takiej sytuacji.
Organ utrzymywał zatem konsekwentnie, że art. 28k ma zastosowanie jedynie na etapie wyboru estońskiego CIT.
Ministerstwo ma inne zdanie
Odmienne stanowisko przedstawiło jednak Ministerstwo Finansów w odpowiedzi z 20 sierpnia 2025 r. na interpelację poselską nr 10946. W odpowiedzi tej wskazano jednoznacznie, że wyłączenia przewidziane w art. 28k ust. 1 pkt 1-4 ustawy o CIT mają charakter bezwzględny i dotyczą wszystkich podatników – zarówno tych, którzy dopiero zamierzają wybrać opodatkowanie ryczałtem, jak i tych, którzy już korzystają z estońskiego CIT. Ministerstwo podkreśliło, że jedynie wyłączenia zawarte w pkt 5 i 6 mają charakter czasowy i dotyczą podatników dopiero przystępujących do systemu, a nie tych, którzy już stosują ryczałt. Oznacza to, że spełnienie którejkolwiek z przesłanek z art. 28k ust. 1 pkt 1-4, takich jak postawienie podatnika w stan likwidacji lub upadłości, powoduje brak prawa do stosowania ryczałtu również w odniesieniu do podmiotów już korzystających z estońskiego CIT.
Ministerstwo Finansów potwierdziło ww. stanowisko w styczniu 2026 r., kiedy w informacji z 12 stycznia 2026 r. (ID informacji: 675306) ponownie wskazało wprost, że art. 28k ustawy o CIT stosuje się także do podatników już funkcjonujących w systemie estońskiego CIT. Oznacza to, że obecna wykładnia organu nadrzędnego różni się od tej prezentowanej wcześniej przez dyrektora KIS, lecz jako stanowisko Ministerstwa Finansów powinna być traktowana jako rozstrzygająca dla jednolitego stosowania przepisów.
W efekcie, zgodnie z potwierdzonym stanowiskiem MF bezwzględne wyłączenia przewidziane w art. 28k ust. 1 pkt 1-4 ustawy o CIT działają nie tylko na etapie wyboru estońskiego CIT, ale również w trakcie jego stosowania. Spełnienie w okresie opodatkowania ryczałtem którejkolwiek z negatywnych przesłanek wskazanych w pkt 1–4 skutkuje utratą prawa do kontynuowania opodatkowania w tej formie. Wyjątek dotyczy jedynie przesłanek czasowych z pkt 5 i 6, które ograniczają możliwość wyboru ryczałtu, lecz nie oddziałują na podatników, którzy już z tej formy korzystają.