Polskie przepisy ograniczające ulgi podatkowe wyłącznie do pierwszej restrukturyzacji spółek naruszają prawo unijne – taki wniosek płynie z orzeczenia Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 5 czerwca 2025 r. (sygn. akt III SA/Wa 513/25). Sąd jednoznacznie stwierdził, że krajowe regulacje, które pozbawiają neutralności podatkowej kolejne procesy łączenia, podziału czy wymiany udziałów w spółkach, stoją w sprzeczności z unijną dyrektywą 2009/133/WE.
Sprawa dotyczyła spółki holdingowej (spółka A) należącej do grupy, w której planowana jest reorganizacja struktury kapitałowej. W związku z nią miałoby dojść do sytuacji, zgodnie z którą spółka B (zależna) przejmie spółkę C (dominującą). Konsekwencją będzie przy tym fakt, że spółka A zostanie bezpośrednim wspólnikiem spółki B w związku z przydzieleniem istniejących lub nowoutworzonych udziałów. Spółka wskazała przy tym, że planowany proces połączenia poprzedzony transakcją udziałów ma swoje uzasadnienie ekonomiczne co potwierdziła również wydana 16 lipca 2024 r., opinia zabezpieczająca (sygn. DKP16.8082.1.2023) jak i również wskazano w niej, że nie spełnione zostały przesłanki do zastosowania klauzuli przeciwko unikaniu opodatkowania.
W związku z powyższym spółka wystąpiła z zapytaniem czy w związku z opisanym połączeniem odwrotnym uzyska przychód podlegający opodatkowaniu podatkiem CIT w zakresie już istniejących udziałów przydzielonych do spółki A jako wspólnikowi spółki przejmowanej oraz z tym samym pytaniem w zakresie nowoutworzonych udziałów. W obu przypadkach spółka stanęła na stanowisku, że przychodu nie uzyska. Powołał się przy tym na przepisy Dyrektywy 2009/133/WE stwierdzając, że powinna mieć ona zastosowanie również w przypadku połączeń odwrotnych co za tym idzie również dla takich połączeń zastosowanie powinny znajdować ogólne zasady nieopodatkowania połączeń jakie z niej wynikają. Wskazano również na brak ograniczenia zwolnienia wyłącznie do pierwszej reorganizacji jak i na zasadę, zgodnie z którą reorganizacje powinny być neutralne podatkowo w sytuacji, w której nie mają one charakteru unikania lub uchylania się od opodatkowania.
Z takim stanowiskiem nie zgodził się Dyrektor KIS (interpretacja indywidualna z 13 grudnia 2024 r., sygn. 0114-KDIP2-1.4010.571.2024.1.JF), wskazał on, że zgodnie z opisem stanu faktycznego pierwsze objęcie udziałów, niecałkowite miało miejsce w 2019 r., i dotyczyło jedynie części udziałów spółki dominującej. Pozostałe udziały natomiast zostały nabyte na podstawie umowy sprzedaży w 2023 r. W związku z tym w sprawie zdaniem organu powinien znaleźć zastosowanie przepis art. 12 ust 1 pkt 8ba ustawy o CIT, ponieważ nie zostanie spełniona przesłanka z art. 12 ust 4 pkt 12 lit a tej ustawy. W związku z brakiem przepisów przejściowych, wymogi wynikające z art. 12 ust 4 pkt 12 lit a powinny mieć zastosowanie również w przypadku reorganizacji wieloetapowych, w których pierwsze zdarzenia miały miejsce przed 1 stycznia 2022 roku, ale ostateczny efekt już po nim. W związku z tym zdaniem organu spółka uzyska przychód.
WSA w Warszawie (Wyrok z 5 czerwca 2025 r., sygn. III SA/Wa 513/25) uznał rozróżnianie kolejnych restrukturyzacji za niezgodne z przepisami unijnymi. Dyrektywa 2009/133/WE nie zawiera bowiem ograniczenia, co do liczby neutralnych podatkowo reorganizacji, wykładnie zgodnie z którą zwolnieniu miałaby podlegać wyłącznie pierwsza dokonana restrukturyzacja jest sprzeczna z wykładnią systemową oraz celowościową. Co za tym idzie zdaniem sądu, kolejne restrukturyzacje również będą mogły nie podlegać opodatkowaniu.