W interpretacji z 16 kwietnia 2025 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.87.2025.1.MBD), Dyrektor KIS potwierdził możliwość zaliczenia do kosztów uzyskania przychodu nieuregulowanych zaliczek na podatek PIT. Rozstrzygnięcie to umożliwia podatnikom jednoczesne wykorzystanie ulgi B+R oraz preferencji dla zatrudniających innowacyjnych specjalistów w sposób generujący potrójną korzyść: obniżenie podstawy CIT poprzez ulgę badawczo-rozwojową, brak obowiązku płacenia zaliczek PIT oraz dodatkowe pomniejszenie podstawy opodatkowania o wartość niezapłaconych zaliczek.
Sprawa dotyczyła spółki prowadzącej działalność związaną z oprogramowaniem, działalność polega na świadczeniu wysokiej klasy usług z zakresu prowadzenia prac rozwojowych oraz prototypowania systemów, podsystemów i realizacji kompletnych produktów i usług. W związku z tym, że działalność skupia się w dużej mierze na digitalizacji procesów oraz tworzeniu oprogramowania, działalność ta oparta jest na najnowszych technologiach informatycznych oraz samodzielnym opracowywaniu i rozwijaniu nowoczesnych rozwiązań w dziedzinie IT.
Spółka w związku z prowadzoną działalnością prowadzi również projekty o charakterze badawczo-rozwojowym, poprzez pisanie, modyfikowanie, restrukturyzowanie lub adaptację kodu do nowych rozwiązań, powstają innowacyjne rozwiązania zarówno produktowe jak i usługowe. Spółka do powyższej działalności zatrudnia wysokiej klasy specjalistów np. programistów, inżynierów oprogramowania, testerów czy też architektów systemów i oprogramowania. W związku z powyższym tworzone są dobra niematerialne, takie jak kody źródłowe, które dodatkowo wymagają od zatrudnianego personelu innowacyjnego podejścia i cechują się brakiem odtwórczości. Spółka korzystając zarówno z ulgi badawczo-rozwojowej jak i ulgi na innowacyjnych pracowników posiadała przy tym wysokie nieodliczone koszty kwalifikowane z tytułu wynagrodzeń pracowników. Dlatego też spółka wystąpiła o wydanie interpretacji w zakresie tego czy przysługiwać będzie jej prawo do ujęcia w kosztach uzyskania przychodów wynagrodzeń brutto specjalistów, również w części dotyczącej zaliczek na PIT, które nie zostały przekazane do urzędu skarbowego w ramach wykorzystania preferencji podatkowej dla innowacyjnych pracowników.
Spółka uzasadniając swoje stanowisko powołała się przede wszystkim na literalne brzmienie przepisów ustawy o CIT. Zdaniem spółki ustawa nie wprowadza bowiem żadnych szczególnych zasad, jeżeli chodzi o zakres w jakim zaliczki na PIT mogą być zaliczane do kosztów uzyskania przychodów. Dlatego też według spółki zgodnie z art. 15 ust 4g w zw. z art. 16 ust 1 pkt 57 ustawy o CIT będzie ona miała prawo do tego, aby uwzględnić w kosztach podatkowych wynagrodzenia brutto pracowników o ile wynagrodzenie zostanie wypłacone, dokonane lub pozostawione do dyspozycji pracownika. Zdaniem spółki rozstrzygnięcie tej kwestii w inny sposób stałoby w sprzeczności z zasadą pierwszeństwa wykładni literalnej oraz zasadami pewności i przewidywalności prawa podatkowego. Do takiej argumentacji przychylił się również Dyrektor KIS odstępując od uzasadnienia prawnego swojej oceny.
Omawiana interpretacja indywidualna otwiera drogę do zastosowania wyjątkowo efektywnego mechanizmu optymalizacji podatkowej, który dla przedsiębiorców prowadzących prace badawczo-rozwojowe i zatrudniających wykwalifikowany personel może znacząco zmniejszyć rzeczywiste obciążenia fiskalne. Dzięki niemu możliwe jest wielokrotne zaliczenie tych samych wydatków w różnych aspektach rozliczeń podatkowych. Na początku możliwe będzie bowiem zmniejszenie podstawy opodatkowania poprzez koszty płac kwalifikujące się jako koszty kwalifikowane, nieodliczona część może następnie posłużyć do zmniejszenia wpłat zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych, aby na samym końcu zgodnie z interpretacją nieuregulowane zaliczki na PIT potraktować jako koszt uzyskania przychodu.